Number Ones, Visionary: 2003 - 2007 

2003'te, Jackson, "Resurrection" adında bir albüm çıkaracağı haberini verdi ve albümün promosyonunu kısa bir filmle yaptı. Aynı yılın Mart ayında, "Xscape" şarkısının çıkacağı, yayın organlarında duyulmasına rağmen, bilinmeyen nedenlerden dolayı iptal edildi. Bunun yerine yılın sonlarına doğru, Jackson'ın zirveye çıkıp hit olmuş tüm parçalarını içeren "Number Ones", Sony Records etiketiyle CD ve DVD formatında piyasaya sürüldü ve 8 milyondan fazla bir satış rakamı yakaladı. Çocuk istismarı hakkında şunları söyledi:

Albümdeki tek yeni parça olan "One More Chance"'in klip çekimlerinde, yine çocuk istismarı iddiasıyla ikinci kez tutuklanan Jackson, masum bulunarak salıverildi. Aynı yıl, basında Michael Jackson'ın dinini değiştirerek İslamiyet'i seçtiği ve Müslüman olduğu yönünde haberler çıktı. Sonrasında ise, 2005'te, bir cami yaptırdığı haberleri de çıktı.

2004 yılının Ağustos ayında VH1 müzik kanalında, "Man in the Mirror: The Michael Jackson Story" adında, sanatçının hayat hikâyesini anlatan görsel bir biyografi yayınlandı. Gavin Arviso tarafından Jackson aleyhine tekrar gündeme getirilen cinsel çocuk istismarı suçlamalarına karşılık, ünlü rap şarkıcısı Eminem "Just Lose It" şarkısıyla göndermeler yaptı. Tartışmaların alevlenmesi üzerine Michael, açıklama yapmak zorunda kaldı.

2005 yılının Haziran ayında, hakkında açılan on davanın tamamından beraat eden Jackson, Bahreyn'e yerleşti. Şarkıcının aşırı kilo kaybetmesi ve stres-zararlı alışkanlıkları onu kötü etkiliyordu. Ünlü sanatçı California, Santa Maria`daki mahkemede hakkında öne sürülen çocuklara taciz suçlamasından aklandıktan hemen sonra Prens Şeyh Salman bin Hamed Halife`nin davetlisi olarak Bahreyn`e uçmuştu. `Movie Database` sitesinin haberine göre Jackson`ın avukatı Thomas Mesereau, şarkıcının Neverland`daki malikanesini satıp hayati bir karar alarak Bahreyn`i çalışma merkezi ve ikametgahı olarak seçeceğini doğruladı. Mesereau, `Jackson hayatının seçimini yaparak en zor anında kendisini yalnız bırakmayan sadık dostlarının yanına yerleşiyor. Ayrıca Bahreyn Michael`a sağlık açısından oldukça iyi geldi` dedi.^[83] Burada zamanını yeni besteler yaparak ve Katrina Kasırgası mağdurlarına ithafen "I Have This Dream" şarkısını yazarak geçirdi. Bu şarkının seslendirilmesinde Ciara, Snoop Dogg, Keyshia Cole, James Ingram, Jermaine Jackson, Shanice, Shirley Caesar ve The O'Jays gibi ünlüler yer aldı. Ancak, şarkı bilinmeyen nedenlerden dolayı yayınlanmadı.

2006 Şubat ayında, Jackson'la eski eşi Deborah Rowe'un velayet davası sonuçlandı. Mahkeme, eski eşlerin çocukları üzerindeki haklarını sınırlandırarak ihtilafa açık bir karar verdi. Mart ayında ise, Kaliforniya İşçi Dairesi, sigorta ücretlerini ödemediği gerekçesiyle Neverland çiftliğini kapatarak, sanatçıyı, 69 kişiden oluşan her bir işçi başına 1000 dolar olmak üzere, toplamda 69.000 dolar tazminat ödemeye mahkûm etti.

"Thriller" Albümün en bilinen simgelerinden sayılanThriller. Şarkıda yer alan kapı gıcırtısı, kurt uluması, gök gürültüsü gibi seslerle örtüşen melodiler; şarkıyı paranoyalarla örülü bir seksenler simgesi haline getirmiştir. 1984 yılında yayınlanmasıyla albümü tekrar zirveye ulaştıran şarkının klibi Grammy ödülüne layık görülmüştür. Thriller, günümüzde halen bir seksenler simgesi olarak anılmakta, klipteki koreografiler onlarca sanatçı tarafından kopya edilmektedir.

Dinlemekte sorun yaşıyorsanız medya yardımı sayfasına bakınız.

	"Smooth Criminal" Bad albümünün önemli çalışmalarından biri olarak gösterilen Smooth Criminal. 1988 yılında yayımlanan şarkıdaki yüksek teknolojili müzik enstrümanları dikkat çekmektedir.
Dinlemekte sorun yaşıyorsanız medya yardımı sayfasına bakınız.

Jackson Nisan ayında, Two Seas adlı müzik şirketinin CEO'su olan İngiliz müzik yapımcısı Guy Holmes ile, 2007'de çıkması planlanan tek albümlük bir sözleşme yaptı. Mayıs 2006'da ise Tokyo'da, MTV'nin Japonya lokasyonu tarafından düzenlenen Video Müzik Ödülleri'nde Yaşayan Efsane ödülünü aldı. Uzun bir aradan sonra Michael'in ekranlarda göründüğü ilk geceydi bu. Kasım ayında, ünlü pop yıldızının, "Visionary: The Video Singles" adında, yirmiden fazla hit şarkısını içeren bir çalışması, yine Sony Müzik etiketiyle yayınlandı. Guiness Dünya Rekorları'nın Londra ofisinde 8 dalda layık görüldüğü ödülleri alan Jackson, Dünya Müzik Ödülleri'nde, 100 miyondan fazla satış rakamına ulaştığı için Elmas ödülün de sahibi oldu.

Thriller 25, 2008 - 

2008 Şubat ayında Michael Jackson Thriller albümünün 25. yılı şerefine Thriller 25'i yayımladı. Thriller 25, Amerika'da 2, Birleşik Krallık'ta 3. sıraya ulaştı.

2009 Mart ayında Londra'da yaptığı basın açıklamasında Michael Jackson, Londra'da 8 Temmuz itibari ile 50 konser vereceğini açıkladı. Ayrıca Michael Jackson, bu konserlerin Londra için son konserleri olacağını belirtti.

25.Yıl özel versiyonu; orijinal albüm ve sekiz bonus şarkı içeriğiyle piyasaya sunuldu. Ayrıca Michael Jackson’ın yayınlandığı anda pop dünyasını yerinden oynatan videoları; "Thriller", "Beat It," ve "Billie Jean"den kısa filmler de albümle birlikte bir DVD ile sunuldu. Michael Jackson’ın Emmy adayı unutulmaz “Billie Jean” performansının bulunduğu "Motown 25:Yesterday, Today, Forever" özel televizyon şovunun görüntüleri de bu DVD’de yer alıyor.